赛昂人不断追击卡拉狄加舰队，舰队不得不每33分钟进行一次超光速跳跃以逃避赛昂人的追击，全船成员连续工作几百小时。而舰队在不断遭受袭击之后，舰队幸存的人类锐减至不到五万。但某次跳跃33分钟之后，赛昂人的追击没有出现，反而之前在追击中失踪的奥林匹亚航母出现了，可最终卡拉狄加发现这是一艘载有核弹的民用船，并且正径直冲向卡拉狄加……与此同时，流落卡布里卡的西洛却被之前已经离开的布玛尔所救……

布玛尔在自己的背包中发现了一枚G4炸弹，但在她检查了轻武器库之后发现，丢失的G4炸弹不止这一枚。罗斯琳总统前往卡拉狄加视察，了解资源贮备情况。然而此时，卡拉狄加的水罐却发生爆裂，舰队失去了百分之六十的水量，卡拉狄加开始寻找水源。卡拉狄加被怀疑有赛昂人潜伏，波尔塔博士受命制作赛昂人识别器。布玛尔成功找到了水源，但却在自己的猛禽座驾上发现了一枚G4炸弹。阿波罗在上次击毁奥林匹亚航母之后，对当初的行动产生了质疑，罗斯琳总统邀请他成为她的私人军队顾问。卡布里卡上，西洛正与莎伦逃亡，而西洛却对这个莎伦的身份浑然不觉……

舰队找到了水源，但取得水的工程却需要大量人力。卡拉狄加决定从运送罪犯的船上寻找志愿者，李·阿达玛率队登上“星际女皇”号。但当李说出条件之后，一片沉默，最终只有一个人站了出来，并且代表罪犯拒绝了李。他就是汤姆·查莱克，政府认定的“恐怖分子”。李找查莱克谈话，这时船上的犯人却发动了起义，罪犯控制了飞船，查莱克作为领袖要求罗斯琳下台并重选总统。阿达玛指挥官下令出击，同时李道破了查莱克心中真正的目的……此时的卡布里卡，西洛和赛昂人莎伦依然在逃亡，但莎伦已经开始和其他赛昂人开始计划之后与西洛有关的行动……